1924年，紀修襌師，廣東省四邑人，從鎮江金山江天寺遊化到大嶼山，在寺内僧衆懇請下，出任第一代住持，並把大茅蓬改名爲寶蓮襌寺。後人稱大悅、頓修及悅明三位襌師爲開山功行大德。

1925年，寶蓮襌寺首次舉行秋期傳戒。當時，同住大衆共有數十人。

1928年，興建佛殿「大圓滿覺」和左面的「金剛窟」，初期用作參襌靜坐之所；右邊用作客堂及庫房。興建佛殿時，山中各小靜室出家二衆齊心合力鋪設階磚，爲十方叢林各盡一分力量。

1930年，秋期傳戒圓滿後，住持紀修大和尙退居，同住大衆共同推舉筏可大和尚爲第二代住持。筏可大和尚任内先後興建韋馱殿、地藏殿、祖堂、方丈室、五觀堂、法華塔、華嚴塔、羅漢塔及般若堂（新襌堂）。

1952年，筏可大和尚決意退居，在「如是室」清修。增秀法師被寶蓮禪寺僧衆推舉為第三任住持。

60年代，筏可大和尚動議把寶蓮襌寺的管理架構（佛教舊有制度），改組爲董事制，寺内一切事務均以董事意見爲依歸。董事會成立後，筏可和尚爲首任主席。

1963年，由於上山參拜的信衆日漸增多，舊有佛殿（大圓滿覺）不敷應用，遂開始籌建大雄寶殿，樓高二層，大殿下層爲觀音殿和羅漢堂。

1972年，筏可大和尚圓寂後，董事會公選慧命法師爲第四代住持，任内興建退居寮。

1976年，籌建天壇大佛和筏可療養院。

1979年，源慧法師、智慧法師率領香港佛教僧團一行20人回內地訪問，受到「中國佛教協會」會長趙樸初等人的熱烈歡迎。此行對中港兩地宗教正式建立聯系有重要的意義。「中國佛教協會」送贈大藏經珍本《龍藏》一部，共7173卷給「寶蓮禪寺」。《龍藏》為清雍正十三年至乾隆三年的版本，是清朝最後雕刻製造的大藏經，極為珍貴。

1981年，天壇大佛第一期工程開始動工。

1982年，「寶蓮禪寺迎請大藏經代表團」到北京，迎請《龍藏》，趙樸初會長主持贈經儀式。10月，「中國佛教協會」派出以副會長巨贊法師率領的《龍藏》護送團，護送《龍藏》抵達香港。寶蓮禪寺與香港佛教聯合會舉行了盛大的迎接大藏經儀式，並同時舉辦了《龍藏》公開展覽。

董事會推選聖一大和尚爲第五代住持。

1990年，聖一大和尚退居後，董事會推選初慧大和尚爲第六代住持。

1992年10月，初慧大和尚及董事會諸法師組成「迎請佛陀舍利團」，赴斯里蘭卡迎請舍利，由「香港佛教聯合會」會長覺光法師敬領兩顆佛陀真身舍利。

1993年12月，天壇大佛建造完成，舉行開光慶典。寶蓮禪寺逐漸成為世界聞名的寺院。

1994年6月，寶蓮禪寺組織考察團前赴廣東省新興縣考察，捐建第一所希望學校。經寶蓮禪寺捐建的希望學校目前已逾300間。

2000年開始籌建萬佛寶殿，將寶蓮禪寺完善為集宗教、佛教文化、園林景觀、雕塑藝術、傳統與現代於一體的佛教聖地。萬佛寶殿預計在2013年落成。

智慧大和尚自2005年出任寳蓮襌寺第七任住持。

2014年10月31日萬佛寶殿正式落成，舉行隆重開幕慶典及佛教三大語系開光儀式。

2014年10月31日至11月2日，寶蓮禪寺與南京大學中華文化研究院、香港大學佛學研究中心、香港中文大學人間佛教研究中心合辦「趙樸初思想研討會」，廣邀國內及本港高僧大德、專家學者參與。

2015年11月15日，凈因大和尚出任寶蓮禪寺第八任住持。