1924年，纪修禅师，广东省四邑人，从镇江金山江天寺游化到大屿山，在寺内僧衆恳请下，出任第一代住持，并把大茅蓬改名爲宝莲禅寺。後人称大悦丶顿修及悦明三位禅师爲开山功行大德。

1925年，宝莲禅寺首次举行秋期传戒。当时，同住大衆共有数十人。

1928年，兴建佛殿「大圆满觉」和左面的「金刚窟」，初期用作参禅静坐之所；右边用作客堂及库房。兴建佛殿时，山中各小静室出家二衆齐心合力铺设阶砖，爲十方丛林各尽一分力量。

1930年，秋期传戒圆满後，住持纪修大和尙退居，同住大衆共同推举筏可大和尚爲第二代住持。筏可大和尚任内先後兴建韦驮殿丶地藏殿丶祖堂丶方丈室丶五观堂丶法华塔丶华严塔丶罗汉塔及般若堂（新禅堂）。

1952年，筏可大和尚决意退居，在「如是室」清修。增秀法师被宝莲禅寺僧衆推举为第三任住持。

60年代，筏可大和尚动议把宝莲禅寺的管理架构（佛教旧有制度），改组爲董事制，寺内一切事务均以董事意见爲依归。董事会成立後，筏可和尚爲首任主席。

1963年，由於上山参拜的信衆日渐增多，旧有佛殿（大圆满觉）不敷应用，遂开始筹建大雄宝殿，楼高二层，大殿下层爲观音殿和罗汉堂。

1972年，筏可大和尚圆寂後，董事会公选慧命法师爲第四代住持，任内兴建退居寮。

1976年，筹建天坛大佛和筏可疗养院。

1979年，源慧法师丶智慧法师率领香港佛教僧团一行20人回内地访问，受到「中国佛教协会」会长赵朴初等人的热烈欢迎。此行对中港两地宗教正式建立联系有重要的意义。「中国佛教协会」送赠大藏经珍本《龙藏》一部，共7173卷给「宝莲禅寺」。《龙藏》为清雍正十三年至乾隆三年的版本，是清朝最後雕刻制造的大藏经，极为珍贵。

1981年，天坛大佛第一期工程开始动工。

1982年，「宝莲禅寺迎请大藏经代表团」到北京，迎请《龙藏》，赵朴初会长主持赠经仪式。10月，「中国佛教协会」派出以副会长巨赞法师率领的《龙藏》护送团，护送《龙藏》抵达香港。宝莲禅寺与香港佛教联合会举行了盛大的迎接大藏经仪式，并同时举办了《龙藏》公开展览。

董事会推选圣一大和尚爲第五代住持。

1990年，圣一大和尚退居後，董事会推选初慧大和尚爲第六代住持。

1992年10月，初慧大和尚及董事会诸法师组成「迎请佛陀舍利团」，赴斯里兰卡迎请舍利，由「香港佛教联合会」会长觉光法师敬领两颗佛陀真身舍利。

1993年12月，天坛大佛建造完成，举行开光庆典。宝莲禅寺逐渐成为世界闻名的寺院。

1994年6月，宝莲禅寺组织考察团前赴广东省新兴县考察，捐建第一所希望学校。经宝莲禅寺捐建的希望学校目前已逾300间。

2000年开始筹建万佛宝殿，将宝莲禅寺完善为集宗教丶佛教文化丶园林景观丶雕塑艺术丶传统与现代於一体的佛教圣地。万佛宝殿预计在2013年落成。

智慧大和尚自2005年出任寳莲襌寺第七任住持。

2014年10月31日万佛宝殿正式落成，举行隆重开幕庆典及佛教三大语系开光仪式。

2014年10月31日至11月2日，宝莲禅寺与南京大学中华文化研究院、香港大学佛学研究中心、香港中文大学人间佛教研究中心合办「赵朴初思想研讨会」，广邀国内及本港高僧大德、专家学者参与。

2015年11月15日，凈因大和尚出任宝莲禅寺第八任住持。